O CTI organiza suas ações de longo prazo com os povos com os quais trabalha através de Programas, por meio dos quais se articulam uma série de projetos que unidos por linhas de atuação e metas comuns.
Atualmente, existem três Programas ativos:
Ações Estratégicas
Dentro das linhas de atuação do CTI são identificadas determinadas áreas, tidas como estratégicas para o cumprimento da missão da entidade, qual seja, a de contribuir para que os povos indígenas e suas comunidades assumam o controle efetivo de toda e qualquer intervenção em seus territórios, esclarecendo lhes sobre o papel do Estado na proteção e garantia de seus direitos constitucionais.
As áreas estratégicas envolvem a participação efetiva em Fóruns e Redes com atuação política decisiva no direcionamento das políticas públicas que afetam direitos e interesses dos povos indígenas, parcerias com setores-chave do movimento indígena, com organismos governamentais e com setores da sociedade civil organizada. Inclui ainda o apoio efetivo a ações do Estado julgadas fundamentais para a garantia dos direitos territoriais e ambientais dos povos indígenas isolados e o monitoramento de empreendimentos que afetam terras indígenas.
Atualmente as ações estratégicas do CTI em curso são:
- Mobilização Nacional Indígena
- Povos Indígenas Isolados
- Terena – Fortalecimento do Conselho Terena
- Sateré-Mawé – Gestão Territorial e Ambiental na TI Andirá-Marau
- Xavante – Fortalecimento da Associação Xavante Warã
- Povos Indígenas do Nordeste – Fortalecimento da Apoinme
- Acompanhamento dos impactos socioambientais de empreendimentos em Terras Indígenas