Os impactos da atividade petroleira no rio Jaquirana não afetam apenas as aldeias Matsés e demais comunidades situadas ao longo do rio Javari. A região do alto rio Jaquirana é também habitada por índios isolados, o que motivou a Organización Regional de los Pueblos Indígenas del Oriente (ORPIO) e a Asociación Interétnica de Desarrollo de Selva Peruana (AIDESEP) a apresentarem ao Estado peruano em 2003 a proposta de Reserva Territorial Tapiche-Blanco-Yaquerana. Passados oito anos, não houve qualquer avanço no reconhecimento da reserva e a sobrevivência deste(s) grupo(s) encontra-se ameaçada pela sobreposição de lotes petroleiros e pela proximidade com lotes para a exploração de madeira.
No primeiro semestre de 2011 o Ministério de Energia e Minas do Peru (MEM) aprovou a abertura de cerca de 1.200 km de linhas sísmicas no Lote 135, sobre o território de isolados, contando com uma parecer favorável do Servicio Nacional de Areas Naturales Protegidas por el Estado (SERNANP). Sem reconhecimento por parte do Estado peruano, há risco de que se repitam violações de direitos humanos contra os índios isolados e conflitos na região. Na década de 1980 a empresa Petrobrás realizou atividades de prospecção no interior da TI Vale do Javari, ocasionando a morte de funcionários da empresa, da FUNAI e de índios isolados. Após sucessivos conflitos as atividades foram paralisadas. Quase três décadas depois o mesmo quadro parece se repetir, desta vez em território Peruano, por meio de atividades conduzidas pela empresa canadense Pacific Stratus. No lado brasileiro das cabeceiras do rio Jaquirana também há informações sobre a presença de isolados. Portanto, as atividades promovidas pelo Estado peruano no Lote 135 põem em não apenas a sobrevivência de isolados na área da proposta de Reserva Territorial Tapiche-Blanco-Yaquerana, mas toda a política de proteção a isolados executada pela FUNAI na Terra Indígena Vale do Javari. Esta preocupação levou os participantes
da III Reunião Binacional Matsés Brasil-Peru a solicitarem ao Estado brasileiro que se manifeste sobre o tema e tome medidas efetivas para a proteção dos isolados e demais comunidades indígenas ameaçadas pela atividade petroleira no rio Jaquirana.
Ao longo de toda a região de fronteira Brasil-Peru encontra-se a maior concentração de índios isolados no mundo – são 21 referências no lado do Brasil, 14 delas confirmadas; no lado do Peru, existem quatro Reservas Territoriais reconhecidas e três propostas aguardando o reconhecimento por parte do Estado peruano desde 2003.